裁判在赛场上有决定选手命运的至高权限，裁判问题在任何一届大型赛会上都是焦点，釜山亚运会也不例外。球员抗议裁判罢赛、问题裁判被遣返回乡等等闹得不亦乐乎。 印尼和韩国队在争夺羽毛球男团金牌时，印尼因不满裁判判罚以罢赛相威胁，结果出现了两次更换司线员的破天荒之举。陶菲克和韩国的孙升模比赛时一记漂亮的扣杀打在界内，结果韩国的司线员判罚出界，恼怒异常的陶菲克严重抗议，并拒绝打完剩余的比赛。亚奥理事会与国际羽联官员立刻紧急磋商，经过近两个小时的研究，作出了更换错判的司线员和判陶菲克得分的决定。随后又出现一次错判，结果陶菲克与孙升模两人都不满意判罚，最后迫使韩国司线员休息，转而让4名非韩国籍国际裁判担负先前由10名韩国裁判负责的司线工作。结果这场男团决赛破纪录地耗时8个多小时，因为用在双方争议上的时间就有4个多小时。气急败坏的陶菲克甚至放言今后将拒绝参加在韩国进行的比赛，哪怕是五星级的韩国羽毛球公开赛。 相比于羽毛球，跆拳道赛场上争端更多。我国的奥运会冠军陈中在跆拳道女子72公斤级决赛中，以2：3不敌韩国新秀崔真美，获得银牌。她对裁判的一些判罚却感到糊涂，“我俩同时命中，但我踢中了前面和后面，应该是我得分，结果却判给对方。”不过陈中倒看得开，认为真正的较量是在奥运会而非亚运会。伊朗选手约瑟夫在84公斤，争夺半决赛资格的比赛中输给韩国选手金庆训之后，对裁判判罚表示不满，在比赛场上静坐长达十多分钟等待申诉结果，比赛一度被迫中止。原来约瑟夫在决定性的第三局比赛中与韩国选手金庆训战成6：7。比赛中约瑟夫虽有几个有效击中对方的动作，但裁判员均没给加分。在他静坐期间，四位裁判经过简单商议，最终决定维持原判。约瑟夫只得一脸苦笑着遗憾地离开了赛场。中国台北队的吴燕妮是女子51公斤级夺冠呼声最高的选手，但在四分之一决赛对阵泰国选手的时候，满怀取胜希望的吴燕妮却发现场上的一位裁判居然是泰国人，其人正泰然自若地等待比赛开始。经过抗议更换了裁判，比赛中吴燕妮攻势凌厉并几次击中对手的有效部位，但裁判却无动于衷，拒绝判分给她。最终，在比赛还剩下二十秒的时候，吴燕妮在总教练的示意下，拒绝继续比赛而退场。 在健美比赛中也有“居心叵测”的裁判，日本59岁的健美裁判政枝胜宪被核实严重偏袒本国运动员后，被亚洲健美联盟取消了裁判资格并送回了日本。原来政枝胜宪在打分中无视其他四名裁判的判罚，执意给日本运动员打了满分，比其他人的打分至少高出0.6分，这一明显的不公正判罚当即引起了韩国、泰国、菲律宾裁判的强烈抗议。出现在体操项目上的这种打分让人瞠目结舌，而且还是三人同获冠军的奇迹。据统计，体操10个单项比赛共产生了17枚金牌，从男子双杠、自由体操到男子鞍马、吊环和女子高低杠，并列冠军似成家常便饭。尤其令人吃惊的是，男子单杠的冠军领奖台上最终竟站立起中、日、韩三家选手，这一情景实属罕见。 | 
