国际残疾人奥委会原来使用的徽标包含韩国常见的一种蝌蚪状传统装饰图案(Tai-Geuk)。1988年汉城残奥会首次采用外形和颜色都与奥运五环相似的蓝、黑、红、黄、绿五个蝌蚪状图案作为会徽。在这一届残奥会结束后，国际残疾人奥委会的前身，世界残疾人体育组织国际协调委员会(ICC)将该标志作为其徽标，作为各国际残疾人体育组织协调一致举办残奥会的象征。国际残疾人奥委会于1989年成立后继续沿用该会徽。
1991年，国际奥委会(IOC)通知国际残疾人奥委会，如果后者要将会徽用于市场开发，则必须对其进行修改，否则国际奥委会将不会继续向国际残疾人奥委会提供资金支持。国际奥委会市场开发部认为，带有五个蝌蚪状图案的国际残疾人奥委会会徽与奥运五环过于相像，因此可能导致混淆并对国际奥委会的赞助商项目带来威胁。在1994年挪威利勒哈默尔冬季残奥会上，含五个蝌蚪状图案的标志仍被允许使用，同年，由三个蝌蚪状图案组成的新会徽在国际残疾人奥林匹克运动世界锦标赛上正式得到启用；而“心智、身体和精神”成为残疾人奥林匹克运动的格言，也出现在会徽中。
2003年4月4日至6日，国际残疾人奥委会执委会在雅典召开会议，批准通过了由国际著名设计事务所“舒尔茨与朋友们”负责创作的新会徽。原有会徽在2004年雅典残奥会期间将继续被有限地使用，而新会徽将在2008年北京残奥会上正式启用。
新会徽由3条色带构成，分别为红、蓝、绿——世界各国国旗上最常见的3种颜色。色带的形状(Agitos)象征国际残疾人奥委会的目标：“为残奥会运动员取得杰出的运动成就创造条件，激励和鼓舞世界。”会徽整体呈圆形，象征地球，以表现残疾人奥林匹克运动的普遍性。
“精神寓于运动”是新的残奥运动格言，表达了残疾人奥林匹克运动激励人心的特点和残奥运动员高水平的竞技表现。这一格言还代表了每个残奥运动员的坚强意志。“精神”一词意味着国际残疾人奥委会不仅举办高水平的体育赛事，更要通过残疾人奥林匹克运动传达出一种清晰有力的信息。单词“运动”则一语双关，暗指国际残疾人奥委会是一个不断开拓前进的组织。
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